৬০-এর দশকে পূর্ববাংলার রাজনৈতিক অবস্থা তাঁকে ক্ষুব্ধ করে। সরকারের উচ্চপদে অধিষ্ঠিত থাকায় তার চোখে পাকিস্তান মুসলিম লীগ ও সামরিক প্রশাসকদের শােষণ, বৈষম্য, বঞ্চনার রূপ প্রকট হয়ে ওঠে। ৭১-এর ভয়াল পঁচিশে মার্চ রাতের সংবাদ পাওয়ার আগেই দেশের সংকটজনক পরিস্থিতির কর্মপন্থা নির্ধারণ করে রাজনৈতিক নেতৃবৃন্দ, বিভিন্ন শ্রেণীপেশার মানুষ, বুদ্ধিজীবীদের সঙ্গে যােগাযােগ করে সংকট মােকাবিলার সিদ্ধান্ত নেন। মুক্তিযুদ্ধকালে ১৯৭১ সালের জুন মাসে প্রধানমন্ত্রী তাজউদ্দীন আহমদের আহ্বানে পূর্বাঞ্চলের আঞ্চলিক প্রশাসনের পদ থেকে মুজিবনগর সরকারের মন্ত্রিপরিষদ সচিব পদে যােগদান করেন। ১৯৭৫ সালের ২৬ আগস্ট পর্যন্ত তিনি এই পদে আসীন ছিলেন। বিজয়ের অব্যবহিত পর বাংলাদেশের বিপর্যস্ত প্রশাসন-ব্যবস্থা সচল করে তােলা এবং দেশ পুনর্গঠনের কাজে বঙ্গবন্ধুর নেতৃত্বে অন্যান্য সহকর্মী এবং মন্ত্রিবর্গের সঙ্গে তিনি নিয়ােজিত ছিলেন। এই দায়িত্বে সাড়ে ৪ বছরে তিনি স্বাধীন। সার্বভৌম বাংলাদেশ সরকারের নতুন মন্ত্রণালয়, বিভাগ, করপােরেশন ইত্যাদির রূপরেখা তৈরি ছাড়াও পাকিস্তান। আমলের পুরাতন নিয়ম-কানুন ও পদ্ধতির আমূল সংস্কারে মুখ্য ভূমিকা রাখেন। তিনি বিভিন্ন বিষয়ে বহু প্রবন্ধের রচয়িতা। বাংলাদেশের মুক্তিযুদ্ধ বিষয়ক তাঁর বেশকিছু লেখা প্রকাশিত হয়েছে। সরকারি সংগঠন ও উন্নয়ন ব্যবস্থাপনায় ব্যাপক অভিজ্ঞতাসম্পন্ন এইচ. টি. ইমাম পৃথিবীর বিভিন্ন দেশ সফর এবং অসংখ্য শিক্ষা ও প্রশিক্ষণ প্রতিষ্ঠান পরিদর্শন করেছেন।
